廣州市番禺區第二人民醫院前身為大崗人民醫院，始建于1958年，1995年被評定為國家二級甲等醫院。2008年5月更名為番禺區第二人民醫院，同時增掛番禺區膽囊病研究所的牌子。同年衛生部肝膽腸外科研究中心膽囊病研究所、衛生部普外科內鏡診療技術培訓基地、番禺區科技型企業技術研發中心均落戶我院。